Курортне містечко Ель Кузейр має довгу та славну історію. Археологічні знахідки свідчать, що ще у 7 тисячолітті до н. біля сучасного Ель Кузейра існували поселення людей. У печерах, розташованих на узбережжі Червоного моря, неподалік ель Кузейра, було знайдено предмети та знаряддя праці, вироблені культурою кам’яного віку. Це стародавні сокири, ножі, наконечники для стріл, виготовлені з граніту, а також наскальний живопис. Ще в епоху античності Ель Кузейр був добре відомий як велике портове місто. У І ст. до н.е. Біла Гавань, як тоді називали Ель Кузейр, був найбільшим портом Червоного Моря. Це місто не втратило свого значення і в епоху турецького панування. У XVI ст. за наказом султана селіма тут була побудована грізна фортеця, що стала найважливішим опорним пунктом імперії Османа в регіоні. Це місто стало ключем до середземного моря – завдяки йому турки могли контролювати торгові шляхи, що ведуть з Європи та Азії до Індії. Останнім часом місто багато в чому втратило своє військове значення. Натомість тут було відкрито поклади фосфатів, завдяки чому Ель Кузейр обзавівся шахтами і став одним із місць активного видобутку фосфору. Наразі всі шахти закриті і місто вступило в нову фазу свого розвитку – вже як найважливішого курортного центру.
